Univerzita Komenského má trinásť fakúlt a viac ako dvadsať pedagogických, vedeckých a iných pracovísk a účelových zariadení. Na fakultách univerzity študuje na všetkých stupňoch a formách štúdia ročne viac ako 28 000 študentov (z nich v dennej forme štúdia 21 000 študentov) a takmer 1 800 zahraničných študentov z 80 krajín sveta. Každoročne prijíma Univerzita Komenského do prvých ročníkov štúdia takmer 8 000 nových študentov, ktorí si môžu vybrať z ponuky približne 1 300 študijných programov.